Madrasah Tsanawiyah Al-Fathimiyah tumbuh dan berkembang dari, oleh dan untuk masyarakat,Madrasah Tsanawiyah Al-Fathimiyah menerapkan konsep pendidikan berbasis Al-Qur’an (Al-Qur’an Based Education). Dimana para peserta didik diajari dan dididik dengan nilai-nilai ajaran Al-Qur’an supaya nantinya mampu memahami dan menerapkan kandungan-kandungan Al-Qur’an di dalam kehidupan bermasyarakat. Dan inilah harapan kami selaku pihak berkepentingan di Madrasah Tsanawiyah Al-Fathimiyah menelurkan bibit-bibit generasi bangsa yang berakhlaq dan bertata krama dalam rangka turut serta mengisi kemerdekaan bangsa Indonesia
Di samping itu juga hal-hal yang melatar belakangi pendirian Madrasah Tsanawiyah Al-Fathimiyah adalah inisiatif dari pendiri Pondok Pesantren Putri Al-Fathimiyah Romo Yai Abdul Hadi, di mana agar tamatan atau alumnus PPP. Al-Fathimiyah tidak hanya memiliki ijazah Al-Qur’an dari kepesantrenan saja (non-firmal), melainkan juga memiliki ijazah nasional (formal).
Faktor terpenting didirikan MTs. Al-Fathimiyah untuk menghadapi tantangan zaman khususnya pada etika, dengan demikian maka perubahan, inovasi, dan pembaharuan merupakan “kata kunci” yang perlu dijadikan titik tolak dalam mengembangkan Madrasah Tsanawiyah Al-Fathimiyah. Untuk menyikapi perubahan tersebut, hal ini perlu bertolak dari visi kemudian dijabarkan dalam misi dan didukung oleh skill, insentif, sumber daya (fisik dan non fisik, termasuk SDM), untuk selanjutnya diwujudkan dalam rencana kerja yang jelas. Dengan demikian, maka akan terjadilah perubahan. Jika salah satu aspek saja ditinggalkan, maka akan mempunyai ekses tertentu. Misalnya, jika visi ditinggalkan atau dalam pengembangan Madrasah tidak bertolak dari visi yang jelas, maka akan berakibat hancur.
Perubahan atau inovasi itu sendiri hanyalah sebagai alat bukan tujuan. Apa yang dituju oleh perubahan itu adalah peningkatan mutu pendidikan, sehingga masing-masing madrasah dituntut untuk menyelenggarakan dan mengelola pendidikan secara serius dan, ia harus mampu memberikan quality assurance (jaminan mutu), mampu memberikan layanan yang prima, serta mampu mempertanggungjawabkan kinerjanya kepada peserta didik, orang tua, dan masyarakat sebagai stakeholders.
Untuk mewujudkan perubahan atau inovasi tersebut, maka ada beberapa modal dasar yang harus dimiliki oleh pemimpin/manajer pendidikan, yaitu: (1) bersedia mengambil resiko; (2) selalu menginginkan pembaharuan; (3) bersedia mengatur dan mengurus; (4) mempunyai harapan yang tinggi; (5) bersikap positif; dan (6) berani tampil dan berada di muka. Pengembangan madrasah berprestasi tidak bisa dilepaskan dari peran kepala madrasah yang memiliki keenam modal dasar tersebut.
Pengelolaan pendidikan, termasuk Madrasah Tsanawiyah Al Fathiniyah menerapkan konsep manajemen yang bersifat bottom up dengan fokus utama pada usaha peningkatan mutu melalui otonomi, akuntabilitas, akreditasi dan evaluasi. Konsep ini pada dasarnya dipergunakan untuk menggugah motivasi, melancarkan sistem berdasarkan transparansi dan akuntabilitas publik.
Tidak adanya rencana kerja madrasah yang komprehensif juga menyebabkan rencana kegiatan tahunan Madrasah tidak berkesinambungan dari tahun ke tahun. Setiap saat arah pengembangan Madrasah dapat bergeser atau berubah diwarnai oleh isu yang hangat pada saat itu. Tidak adanya rencana kerja madrasah juga menyebabkan Madrasah mudah dipengaruhi oleh isu hangat, karena tidak memiliki “kompas” ke mana Madrasah harus dikembangkan.
